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媒體報導，有民眾反映臺北市衛生局全面回收醫療院所的公費流感疫苗，臺北市衛生局澄清表示，只是集中調度使用。衛生福利部疾病管制署表示，到十二月底前還有一百多萬劑公費流感疫苗供校園和民眾施打，建議民眾先打電話向醫療院所詢問還有沒有疫苗，以免白跑一趟。

陸續有公費流感疫苗傳出外觀異常，同批號疫苗遭主管機關收回或擋下，600萬劑公費疫苗中，0.5ml劑型有47萬劑的缺口。疾管署統計到上週為止，公費流感疫苗總計已經打了419萬劑。

疾管署副署長莊人祥表示，先前校園暫停施打，最近陸續恢復，有部分縣市需調度給學生使用，因此12月底前現有的100多萬劑中，有5、60萬劑要供應校園，另有4、50萬劑供民眾接種。

疾管署副署長莊人祥：『並不是說疫苗量不夠啦，只是因為他們現在最近在針對這個疫苗做些管控調度。』『主要是因為他們要預留一些校園施打，扣下來之後，可以提供給醫療院所打的量就更少了，所以他現在必須要做些集中管理的措施。』

傳出公費疫苗存量吃緊的臺北市，包括馬偕、長庚醫院，成人劑型都已用罄，市立聯合醫院各院區也暫停施打，集中調度到各行政區的健康服務中心。臺北市衛生局疾管科科長歐佳齡表示，全市有270幾家醫療院所還有疫苗，少數院所因施打量不高，因此統一收回集中使用。